Nie ma leczenia w pełni skutecznego i przyczynowego na IBS.

Pomocne może być:

• zmiana odżywiania, diety ,
• leki
• probiotyki,
• terapie u osób z problemami psychicznymi.

Porcje posiłków powinny być niewielkie , jedzone  częściej. Niektóre pokarmy i napoje mogą powodować objawy IBS u niektórych dzieci, takie jak: żywność o wysokiej zawartości tłuszczu (tłuste sery,smażone jajka, mięso czerwone ) produkty mleczne, napoje z kofeiną, sztuczne substancje słodzące, pokarmy wzdymające -fasola, kapusta, kalafior, świeże ogórki) .

W przypadku zaparć powinno spożywać się pokarmy z dużą zawartością błonnika w ilość "wiek plus 5 gramów błonnika dziennie”.  Czasem konieczne jest stosowanie leków przeczyszczających. Należą do nich m.in. laktuloza, makrogole, płynna parafina,  bisakodyl, sennozydy. Leki te powinny być podawane tylko przez okres utrzymywania się dolegliwości, w minimalnej dawce skutecznej  . Niezwykle ważna jest odpowiednia podaż płynów.U dzieci z biegunką stosuje się środki zapierające. Należy ograniczyć  spożycie pokarmów z dużą ilością  błonnika.Na skurcze, bóle brzucha warto zastosować preparaty takie jak np. Nospa. Pomagają zmniejszyć ból brzucha.

W przypadku wzdęcia brzucha (z nadmiernym gromadzeniem gazów w przewodzie pokarmowym) można podać simetykon. Niektóre probiotyki w odpowiednich dawkach  powodują zmniejszenie objawów IBS wzięte Mogą być znalezione w suplementach żywieniowych, takich jak kapsułki, tabletki i proszki, i w niektórych pokarmach takich jak jogurty.U niektórych dzieci z problemami psychologicznymi w łagodzeniu objawów skuteczne są trójpierścieniowe leki przeciwdepresyjne i selektywne inhibitory wychwytu zwrotnego serotoniny w niskich dawkach .