Celiakia jest z definicji trwałą nietolerancją glutenu. Jeżeli rozpoznanie celiakii jest poprawne i zgodne z powszechnie akceptowanymi kryteriami (typowe objawy, dodatnie wyniki markerów serologicznych, typowy obraz biopsji jelitowej, poprawa po diecie bezglutenowej) oznacza to z niemal 100% pewnością konieczność ścisłego przestrzegania diety bezglutenowej do końca życia.

Jest to najlepsza metoda zarówno leczenia aktualnych objawów, jak i profilaktyki ewentualnych późnych powikłań.

Istnieją sugestie niektórych autorów, że część pacjentów z celiakią może w wieku dorosłym nabrać tolerancji na gluten i spożywać niewielkie ilości glutenu, ale nie jest to powszechnie akceptowany pogląd. Nadal trwają badania nad tym zagadnieniem.

Leczenia domowego nie ma. Ewentualna prowokacja glutenem nigdy nie może być samowolna i zawsze musi być uzgadniana z lekarzem i ściśle kontrolowana. Spożywanie glutenu przez dorosłych z celiakią jest potencjalnie bardzo niebezpieczne, ponieważ u wielu pacjentów w wieku dorosłym objawy celiakii są znacznie łagodniejsze niż w dzieciństwie, a pomimo tego zagrożenie powikłaniami pozostaje na niezmienionym poziomie. W stosunku do dzieci zaleca się, aby przy podejrzeniu celiakii absolutnie nie podejmować prowokacji glutenem w okresach krytycznie ważnych dla rozwoju dziecka, to jest do 5 roku życia oraz w okresie pokwitania.