Przeciwwskazania do szczepień są stosunkowo nieliczne. Najważniejszym trwałym przeciwwskazaniem do szczepienia dowolnym typem szczepionki jest ciężka reakcja nadwrażliwości na poprzednią dawkę danej szczepionki. W odniesieniu do szczepionek żywych głownym trwałym przeciwwskazaniem są ciężkie niedobory odporności, a czasowym - ciąża.

Pozostałe prawdziwe przeciwwskazania są zwykle czasowe. Eksperci do spraw szczepień zdefiniowali też tzw. przeciwwskazania fałszywe, czyli stany, w których dzieci często są zwalniane ze szczepień, choć zgodnie z wytycznymi WHO szczepienie mogło być przeprowadzone.

Prawdziwe przeciwwskazania do szczepień

1) Każde szczepienie należy odroczyć w przypadku ostrych stanów chorobowych lub zaostrzenia choroby przewlekłej. Po ustąpieniu ostrej infekcji (zwykle 7-14 dni po jej wyleczeniu), lub po opanowaniu zaostrzenia choroby przewlekłej, należy dziecko ponownie włączyć do programu szczepień.

2) Dzieci z ciężkimi zaburzeniami odporności (wrodzonymi lub nabytymi) nie mogą być szczepione szczepionkami żywymi (gruźlica, odra, świnka, różyczka, ospa wietrzna, polio doustne). Mogą być za to szczepione szczepionkami zabitymi.

3) Szczepienie żywymi szczepionkami trzeba odroczyć o 3-6 miesięcy od chwili podania dziecku preparatu krwi, lub preparatów immunoglobulin.

4) Udokumentowane, nasilone reakcje alergiczne, zwłaszcza typu anafilaktycznego, stanowią przeciwwskazanie do powtarzania szczepień preparatami, które wyzwoliły taką reakcję.

5) Przeciwwskazaniem do szczepienia przeciwko krztuścowi stanowią postępujące choroby neurologiczne oraz wrodzone choroby metaboliczne przebiegające z uszkodzeniem ośrodkowego układu nerwowego. Szczepienie należy ponadto odroczyć u dzieci w trakcie diagnostyki neurorozwojowej, zwłaszcza podejrzewanych o choroby postępujące, lub encefalopatię padaczkową.

6) Przeciwwskazaniem do podawania kolejnych dawek szczepionki przeciwko krztuścowi jest wystąpienie po poprzedniej dawce poważnych objawów niepożądanych, takich jak: zaburzenia świadomości, drgawki, przewlekły trwający ponad 3 godziny płacz lub krzyk, gorączka do ponad 39 stopni lub epizod zwiotczenia albo utraty przytomności, nie wyjaśniony innymi przyczynami, występujące w ciągu 3 dni po szczepieniu. Jeżeli powyższe objawy wystąpiły po podaniu pełnokomórkowej komponenty krztuścowej, należy rozważyć zastosowanie tzw. szczepionki acellularnej.

7) Przeciwwskazaniem do podania doustnej szczepionki przeciwko polio są przewlekłe biegunki, zespół krótkiego jelita, lub jelitowy zespół złego wchłaniania. W tych przypadkach można podać szczepionkę zabitą, pozajelitową.

8) Szczepienie przeciwko gruźlicy wykonywane tuż po urodzeniu, powinno być odroczone u noworodków w ciężkim stanie klinicznym oraz u wszystkich urodzonych przed 32 tygodniem lub z masa poniżej 2000 g

9) Zaleca się dużą ostrożność w kwalifikacji do szczepień w przypadku istnienia u dziecka chorób na podłożu autoimmunologicznym (toczeń trzewny, młodzieńcze przewlekłe zapalenie stawów, autoimmunologiczne zapalenie wątroby, lub tarczycy, gorączka reumatyczna, kłębuszkowe zapalenie nerek i inne).